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自2000年实施的医疗机构分类管理制度所形成的差异性课税制度是阻碍社会资本进入和限制医疗卫生市场公平竞争发展的瓶颈。差异性课税制度导致医疗机构课税制度与其他相关税收法规不统一、政策"打架"现象突出;违背了公正竞争的市场准则,税收优惠被严重侵蚀;各地税务部门法令五花八门,有损税收统一性等一系列问题。应通过采取以医疗机构提供的服务类型为基础确认医疗机构的纳税主体资格、根据医疗机构的经营和服务范围判定医疗机构的课税依据及构建公平、公正的医疗机构税收制度等措施促进多元化投资、多产权办医格局的形成。