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主要包括真空冷冻干燥、低温冷冻保存或液氮超低温保存。真空冷冻干燥的酉（毒）种保存时间较长，可保持存活数十年以上，对贮存温度要求不高，贮藏成本相对较低，是菌（毒）种资源保藏中最常用的一种保藏手段。液氮超低温是保藏细胞（病毒）株最常采用的方法。为了避免交叉污染，专业菌（毒）种保藏机构的各类的菌（毒）种（尤其是形成芽胞的细菌、支原体和真菌）通常在不同实验室操作。