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采用生物信息学方法、神经网络算法、量化矩阵法和隐式马尔可夫模型，分析β-苦瓜素蛋白的空间结构。预测其信号肽、B细胞抗原表位，细胞毒性T细胞表位，主要组织相容性复合物分子结合肽，对β-苦瓜素蛋白序列作预测打分，得出β-苦瓜素启始部有一段22个氨基酸构成的信号肽，分布着6个B细胞表位，3个CTL表位，序列71-79的HLA限制性CTL表位结合力最高：3段共有MHC—I类分子结合肽，2段共有MHC-Ⅱ类分子结合肽。可为研究β-苦瓜素调控免疫、抗癌机理提供依据。