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目的：探讨功能性消化不良通过小剂量奥美拉唑治疗的效果。方法：研究我院2015年3月至2016年5月期间随机抽取的80例功能性消化不良患者，分为对照组与观察组各40例，其中对照组运用多潘立酮联合埃索美拉唑治疗，观察组运用小剂量奥美拉唑治疗，分析两组患者治疗效果差异。结果：在治疗有效率上，观察组为82.5%，对照组为85%，两组差异不具有统计学意义，p>0.05；在药物不良反应上，观察组为0%，对照组为10%，两组差异具有统计学意义，p<0.05。结论：功能性消化不良通过小剂量奥美拉唑治疗可以达到较好效果，同时不良反应少，治疗安全性更高。