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要提高我国自主创新能力，尤其是原始自主创新能力，就必须有高效的财政科研支出保障。然而，我国财政科研支出总规模小、结构不合理和管理不规范等因素严重影响自主创新能力提高。因此，必须通过实施扩大财政科研支出规模、优化财政科研支出结构，适度均衡财政科研支出的地区差异、健全课题制科研管理制度、加快科研管理立法工作，尽快制定《科研管理法》等政策，促进自主创新能力的提高。