志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列的特点及其关联性分析

来源 :吉林大学学报：医学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户：Purview

【摘要】

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目的:利用数据库和临床分离的志贺菌菌株分析志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)的特点,探讨CRISPR-Q1的特性及CRISPR间的关联性。方法:根据志贺菌基因组数据库利

【作者】

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王颖芳王鹏飞段广才郗园林张晓萌詹煜慧

【机构】

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河南科技大学医学院公共卫生教研室,郑州大学公共卫生学院流行病学教研室,河南科技大学医院,河南科技大学医学院

【出处】

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吉林大学学报：医学版

【发表日期】

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2018年6期

【关键词】

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志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列间隔序列基因外重复序列 Shigellaclustered regularly interspaced short pa

【基金项目】

：

国家科技部重大专项资助课题(2013ZX10004607,2018ZX10301407)

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目的:利用数据库和临床分离的志贺菌菌株分析志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)的特点,探讨CRISPR-Q1的特性及CRISPR间的关联性。方法:根据志贺菌基因组数据库利用引物序列和PCR扩增获得志贺菌的CRISPR序列信息,采用多序列比对等方法获得每个菌株中CRISPR的分布、间隔序列数及序列特点;利用BLAST分析CRISPR-Q1中重复序列和间隔序列,检测重复序列和间隔序列在菌株中的分布特点以及CRISPR-Q1在菌株中的位置及特征;分析数据库和实验室中志贺菌CRISPR-Q1中间隔

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