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氯氮平与不同程度的肠蠕动功能损害相关。这种损害既可导致很常见的便秘,也可导致非常罕见的机械性肠梗阻、粪便嵌塞和麻痹性肠梗阻。在一些情况下,引起的上述不良反应是致命的。这些不良反应是由氯氮平的抗胆碱能特性造成的。在英国,从1993年8月3日到2017年9月11日,共收到370份氯氮平与胃肠道梗阻相关的黄卡报告。