【摘 要】
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目的 通过生物信息学分析丙泊酚对新生小鼠海马组织基因表达谱的影响,对差异表达基因(DEGs)涉及的功能进行预测,并找出关键的差异表达基因,为后续的机制研究提供理论基础.方法 从基因芯片公共数据库(GEO)中获取丙泊酚处理的新生小鼠海马组织基因表达谱数据集GSE106799,以|logFC|＞1及FDR＜0.05为筛选标准得到DEGs.利用Metascape数据库和DA-VID 数据库对DGEs进行生物途径(BP)和KEGG通路富集分析,利用Cytoscape软件将DGEs的共表达关系可视化并找出Hub基因
【机 构】
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锦州医科大学附属第一医院麻醉科,辽宁锦州121000;中国医科大学药学院,辽宁沈阳110122
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目的 通过生物信息学分析丙泊酚对新生小鼠海马组织基因表达谱的影响,对差异表达基因(DEGs)涉及的功能进行预测,并找出关键的差异表达基因,为后续的机制研究提供理论基础.方法 从基因芯片公共数据库(GEO)中获取丙泊酚处理的新生小鼠海马组织基因表达谱数据集GSE106799,以|logFC|＞1及FDR＜0.05为筛选标准得到DEGs.利用Metascape数据库和DA-VID 数据库对DGEs进行生物途径(BP)和KEGG通路富集分析,利用Cytoscape软件将DGEs的共表达关系可视化并找出Hub基因,进一步利用GeneMANIA数据库分析蛋白相互作用方式.结果 暴露于50 mg/kg丙泊酚3 h后,新生小鼠海马组织中共54个差异表达的基因,其中37个mRNA上调,17个mRNA下调.BP分析结果显示,DEGs主要参与调节MAPK活性、维甲酸信号通路等生物学途径;KEGG分析结果显示,DEGs主要与细胞色素P450酶对外源性物质的代谢、化学致癌作用和酪氨酸代谢等信号通路相关.蛋白质相互作用网络筛选出6个Hub基因:DUSP6、EGR4、TXNIP、PDK4、RGS4和DUSP5;GeneMANIA数据库分析显示,蛋白共表达和预测共占84.38％,是蛋白质相互作用的主要方式.结论 丙泊酚能够影响新生小鼠海马组织的基因表达,MAPK通路、维甲酸信号通路、酪氨酸代谢等通路可能参与其致神经毒性作用.
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