年以来，中央、国务院开展了全国性开发区清理整顿工作。福建省清理整顿开发区工作要以科学发展观为指导，敢于正视现实，实事求是，通过清理整顿，形成用地合法、布局合理、开发有序的开发区发展体系，更好地发挥开发区对建设海峡西岸经济区的辐射带动作用。
　　首先，撤消开发区不宜一刀切。清理开发区关键是把开发区数量减下来。据有关部门统计，截至2003年底福建全省共有各类开发区 323个，其中省直部门、省以下各级政府及其部门违规设立的开发区（省级以下开发区）占3/4，仅县级以下（含县级）就有139个，个别县自行设立多达20个，导致开发区数量过多，布局无序，产业聚集和资源共享不明显。为此，有人提出“县级以下开发区要一律取消”，这种做法值得探讨。国务院规定，开发区设立实行国务院、省级人民政府两级审批制，撤消一批违规设立的开发区，减少开发区数量是必要的，但清理开发区要站在区域整体的高度，打破不同级别和部门界限，打破行政区划分割，把开发区作为一个系统，统一规划、管理，该撤消的要撤消，该保留的要保留。有的开发区虽然是省政府批准设立的，但项目、资金长期不落实，要予以撤消；有的省级开发区布局不合理、功能重复，要按科学的管理体制和合理的利益机制进行整合；有的开发区虽然不是国务院、省政府审批设立的，但布局合理，符合城镇体系规划、城市总体规划和土地利用总体规划，基础设施较为完善，已有较大发展规模，这类开发区也要保留，按规定报批，为县域经济发展提供平台。
　　 其次，压缩用地规模要分类指导，要有长效机制。清理开发区的目的是把规划用地规模压下来。清理整顿后开发区数量减少了，如果实际规划的用地规划没有减少，继续作为建设用地，就没有达到清理整顿目的。但压缩用地规模要分类指导，区别对待，如旅游类、农业类开发区不宜强调核减，旅游类开发区主要是风景区，占用耕地很少；农业类开发区主要从事农业综合开发，建设用地也很少；个别开发区土地已经充分利用，确实需要扩大规模的，要予以扩大。压缩用地规模还要建立长效机制：一是各级政府要结合清理开发区，及时修编规划，确实把建设用地规模减下来，防止风头过后重来。二是要停止审批单独选址项目用地，如福州市建立合理的利益机制发展“飞地工业”，厦门、莆田等市新增一般性工业用地必须在开发区内选址等做法，有力促进了工业项目向开发区集聚，防止建设摊子太大。三是加强宏观管理，改变目前开发区条块分割、多头管理的体制。
　　第三，省级以下各类开发区是清理整顿的重点。国家级、省级开发区的设立有严格的审批程序，其建设总体规划和土地利用总体规划须经省政府批准，开发区环评经有权部门组织专家论证，土地管理规范，项目比较落实，已成为福建省改革开放的试验田、工业发展的重要基地和新的经济增长点，成为推动福建省技术进步、产业升级、创造税收、增加就业的重要区域。2003年，国家级、省级开发区合同外资27亿美元、实际利用外资22亿美元，分别占全省57%和55%；实现规模以上工业产值2204亿元，其中电子、机械、石化三大产业1220亿元，占全省54%。马尾、融侨、青口、海沧等开发区已成为福建省新兴产业基地。至2003年底，省级以上开发区已累计引进外资项目5600多个，实际利用外资141亿美元；累计引进内资项目8800多个，注册资本金550多亿元。因此，开发区清理的重点应放在省级以下各类违规设立的开发区。
　　第四，要兼顾各方利益，尽量减少损失。开发区整顿之初，有一位地方领导提出：建开发区百姓苦，撤开发区不能再让百姓苦。这位官员提醒了各级政府和领导，要妥善解决被撤消开发区所涉及的各方利益。一是投资者利益。不管是投资项目、在建项目、或是未动工项目，开发区被撤消后，企业成本将增加，投资者的利益将受到侵害。二是银行利益。开发区基础设施建设所用资金大部分是银行贷款，开发区以土地出让金和税收作为担保。开发区撤消后，还款能力将严重受影响。三是农民利益。被撤消开发区所征用的土地，土地补偿费是否按政策要求足额补给了农民。四是国家利益。开发区撤消、合并后，人员、资产、债务的处置，被征用土地（包括已成为“熟地”）的复耕等问题，必须认真对待。因此，有关部门应当抓紧研究制定相关政策，合理解决上述问题，尽量减少清理整顿而造成的损失，引导清理整顿工作有序、健康开展。同时，开发区要加快管理体制和运行机制创新，不断提高水平。