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雌激素受体有α、β两种亚型，是由独立的基因转录翻译表达的核受体蛋白。在多数细胞中ERβ转录活性低于ERα，通过雌激素反应元件(ERE)途径ERβ和ERα的反式激活作用相似，而在AP1途径，ERα激活转录，而ERβ使配体的作用逆转。两种亚型在各种组织的分布及其比例与各组织器官的生理功能、病变及其药物治疗有关。