【摘 要】
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利用羊肚菌(Morchella spp.)转录组数据开发EST-SSR(表达序列标签-简单重复序列)标记,并对33份羊肚菌材料进行遗传多样性分析.结果表明,转录组测序共获得73781条Unigene序列,
【机 构】
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毕节市农业科学研究所,贵州 毕节 551700;四川农业大学园艺学院,四川 成都 611130;四川农业大学园艺学院,四川 成都 611130;毕节市农业科学研究所,贵州 毕节 551700;毕节市职
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利用羊肚菌(Morchella spp.)转录组数据开发EST-SSR(表达序列标签-简单重复序列)标记,并对33份羊肚菌材料进行遗传多样性分析.结果表明,转录组测序共获得73781条Unigene序列,其中25461条Unigene序列中含有41814个简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)位点,SSR位点发生频率为34.51％,平均分布距离为2.51 kb.优势重复序列类型为单核苷酸,占总SSR位点数量的51.39％,其次为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR位点数量的28.04％和13.35％.A/T、AG/TC、AGC/TCG分别是单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸的优势重复基元.以33份羊肚菌和1份酵母菌为材料,从61对SSR引物中筛选出15对多态性引物,经扩增得到130条多态性条带,多态性比例为100％.遗传多样性分析结果显示,平均每个位点的等位基因数(Na)为4.8667个,平均有效等位基因数(Ne)为2.1242个,平均多样性指数(I)为0.9583,平均观察杂合度(Ho)为0.1911,平均期望杂合度(He)为0.4951,平均Neis基因多样性指数为0.4835,表明筛选出的15对SSR引物的扩增产物具有较好的遗传多样性.通过非加权组平均法(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析,可将33份羊肚菌材料分为4类.试验结果可为羊肚菌的种质资源鉴定、品种鉴别和分子标记辅助育种等研究提供依据.
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