基于illumina测序技术的IGROV-1/CP细胞中miRNA种类鉴定及相对丰度分析

来源 :分析测试学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：appleqj

【摘要】

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从正常培养的IGROV-1/CP细胞中提取小RNA,构建小RNA的cDNA文库,然后用illumina通用测序平台对上述cDNA文库进行测序。从测序获得的序列数据中去除冗余数据后,与已知人类miRNA

【作者】

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张政希莫凡郭妍徐学敏林标扬李伟

【机构】

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上海交通大学系统生物医学研究院,浙江大学浙江加州国际纳米技术研究院

【出处】

：

分析测试学报

【发表日期】

：

2009年2期

【关键词】

：

卵巢癌顺铂耐药性 IGROV-1/CP细胞系 MIRNA illumina测序技术 ovarian cancer cisplatin-resistance

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从正常培养的IGROV-1/CP细胞中提取小RNA,构建小RNA的cDNA文库,然后用illumina通用测序平台对上述cDNA文库进行测序。从测序获得的序列数据中去除冗余数据后,与已知人类miRNA序列数据库进行比对,获得IGROV-1/CP细胞m iRNA表达谱。以所获的序列长度与已知人类miRNA数据库中序列长度差异不大于2和无碱基错配为限制条件,共找到53种已知miRNA。按在cDNA文库测序中的出现频率计算,出现频率不大于10的低拷贝miRNA最多,占检测到所有miRNA种类的56.6%。说明i

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