【目的】推测棉花资源群体材料的基因组血统与分子亲缘关系,并通过关联分析检测群体中影响表型的位点,为优质纤维品种的选育及其效率的提高提供理论依据。【方法】利用均匀分布于26条染色体上的132个SSR标记,对经挑选的92份栽培棉材料的基因组变异进行扫描,利用STRUCTURE 2.3.1软件的混合模型聚类法分析该群体的遗传结构,采用NTSYS-pc(Version 1.8)软件进行UPGMA聚类,随后采用TASSEL软件的GLM(General linear model)程序,对5个纤维品质性状2年×3重复的观测值进行标记与目标性状的关联分析。【结果】当指定7个亚群(K=7)时似然值达到最大,该群体分为亚洲棉组(Cluster 5)、海岛棉组(Cluster 7)、陆地棉1~3组(Cluster 2、Cluster 4和Cluster 6)、混合血统组(Cluster 1和Cluster 3)。组群间的Kullback-Leibler和UPGMA聚类图显示了7个组群的遗传组成和材料间的分子亲缘关系。关联分析表明,该群体中累计有21个位点与目标性状相关,一些标记同时与2个或多个目标性状相关联,可能是目标性状相关乃至"一因多效"的遗传基础。【结论】明确由92份材料组成的自然群体的群体结构以及材料间的亲缘关系,并获得了21个与棉花纤维品质相关的SSR位点,将为这些育种材料的利用、标记辅助选择及下一步候选基因的关联作图提供参考信息。