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目前，治疗全身性真菌感染的药物较为有限，而真菌的耐药性又为临床治疗带来了更大的困难。其中，真菌耐药性的分类与细菌既有相同之处，又有不同之处。传统将真菌耐药现象分为2类：原发性（固有性）耐药，即真菌本身对某些抗真菌药有耐药性；继发性（获得性）耐药，是指应用抗真菌药后通过改变真菌的基因型（暂时性或持续性）使真菌逐步产生耐药性。目前还有第3种分类——临床耐药，即实验室检查时真菌对抗真菌药敏感，但临床上真菌感染经治疗后仍恶化或复发。