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国家重点生态功能区的设立是完善中国生态补偿机制的重要组成部分。文章首先分析了县级政府生态环境保护的路径选择。随后,根据博弈论混合策略纳什均衡原理,构建中央政府与地方政府的生态补偿博弈模型,利用博弈反应函数求出双方的最优选择,从而找出影响县级政府保护生态环境和中央政府选择实质性监管的主要因素。为保障生态补偿转移支付的实施效果,中央政府在监管中既要加大惩罚力度、增强法律的威慑力,又要增强监管的规范性和效率、降低监管成本。此外,中央政府要加大生态保护技术的研发投入,提高生态环境治理能力,从而降低地方政府保护生态环境的成本。