【摘 要】
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利用MISA软件对藤茶转录组测序获得的92 472条Unigene进行SSR位点信息分析,共检测到单核苷酸至六核苷酸重复类型的SSR位点34 420个,分布在27 096条Unigene中,出现频率为37.22
【机 构】
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福建农林大学农学院,作物生物技术福建省高校重点实验室,福州,350002
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利用MISA软件对藤茶转录组测序获得的92 472条Unigene进行SSR位点信息分析,共检测到单核苷酸至六核苷酸重复类型的SSR位点34 420个,分布在27 096条Unigene中,出现频率为37.22％,平均分布距离为31.69 kb.SSR重复类型主要以单核苷酸重复为主,占66.11％,其次是二、三核苷酸,各占19.95％和12.52％.34 420个SSR位点中共发现77种重复基序,重复次数在5～24次之间,其中出现频率高的基序有A/T、AG/CT、AT/AT、AC/GT、AAG/CTT和AAT/ATT.利用Primer 3.0共设计得到34 440对SSR引物,从中随机选取40对引物进行PCR扩增检测,有30对引物扩增出预期大小的条带,其中9对引物在8份藤茶种质材料中表现出多态性.以上结果表明,基于藤茶转录组序列的SSR标记开发是有效可行的,开发的SSR标记为后续藤茶种质资源鉴定及遗传多样性分析等研究提供了科学依据.
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