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环境友好农业技术创新是促进农业经济增长方式转型、实现农业可持续发展的核心内容。在提出环境友好农业技术创新基本理论的前提下,从投入产出角度出发构建指标体系,采用DEA模型分析评价我国1990~2008年环境友好农业技术创新的绩效,结果显示：我国环境友好农业技术创新综合效率平均值达到0.945,且明显存在三个阶段。认为必须从增加资金投入、发挥农业产业组织主体功能、建立可持续农业技术扩散体系等方面进行政策指导,以更有效地推动我国农业技术创新向环境友好方向调整。