【摘 要】
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利用全基因组信息构建系统发育树.基于COGs类,对每一个基因组的每一个基因,都用一个17维的向量来描述其编码蛋白隶属于17个COGs类的程度;而与一个基因组的所有基因相对应的那
【机 构】
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北京大学物理系,中国科学院生物物理研究所
【基金项目】
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国家自然科学基金，中国科学院知识创新工程项目，北京市科委科研项目
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利用全基因组信息构建系统发育树.基于COGs类,对每一个基因组的每一个基因,都用一个17维的向量来描述其编码蛋白隶属于17个COGs类的程度;而与一个基因组的所有基因相对应的那些矢量就组成一个集合.接着,利用Fisher线性判别函数,寻找一组最优化的权重因子;在此基础上利用Fisher线性变换将上述各集合中每一个矢量进行线性变换.使得经Fisher线性变换后17个COGs类对基因组进化的重要程度得到更准确的反映.最后,用进行变换后的矢量组成的集合间的距离代替基因组之间的距离.使用这种方法,分别用38个和4
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