目的了解乡镇卫生院疾控工作岗位设置、疾控队伍建设现状,为疾控系统规范管理和提高基层疾控队伍能力提供参考。方法以问卷调查形式,采用SPSS 13.0统计软件进行一般描述性分析和卡方检验。结果被调查的乡镇卫生院共设置32个科室,且都设置了防保科,防保科共设置18个岗位,所有防保科设置了预防接种、传染病报告等传统疾控工作岗位。乡镇卫生院在编防保人员比例为70.9%,防保人员占机构总人员的10.0%,防保科中疾控人员主要年龄集中在30~40岁,学历以大专为主,只有34.4%的疾控工作人员专业背景为预防医学,44.3%需要兼职承担其他非疾控工作,61.8%没有任何公共卫生医师资格。三个项目省每千服务人口乡镇卫生院人员数由高到低依次为广东、甘肃、江西。结论乡镇卫生院的功能逐渐从临床转向公共卫生,但疾控岗位设置、人员配备与工作需求尚不匹配,疾控人员专业素质不足,制约着乡镇卫生院疾控工作水平,需要增加乡镇卫生院疾控人员编制,合理设置疾控岗位,为基层疾控工作夯实基础。