以农业面源污染为研究重点,探究兼顾生态与发展职能的流域生态-农业系统的耦合过程与机制,为高原湖泊流域污染治理和生态农业发展提供依据。选择洱海流域为研究对象,运用系统耦合理论,构建系统综合评价模型、系统耦合度测度模型、系统耦合协调模型和系统耦合演化模型,对1994-2015年洱海流域系统耦合度及动态耦合过程进行分析。1994-2015年,洱海流域生态-农业综合发展指数和耦合度均呈上升趋势,经济-生态系统总体向良好状态发展,经济发展对流域生态环境质量的威胁不断弱化,两者协调发展水平维持磨合、提升。1994-2015年洱海流域生态-农业系统耦合协调度为0.46～0.88,经济发展子系统与生态环境子系统总体呈现协调耦合的状态,其中1994-2002年处于拮抗时期,2003-2005年仍然处于拮抗时期但耦合度下降趋势得到扭转,2006-2011年进入磨合阶段,2012-2015年进入高水平耦合阶段但保持与促进难度较大。耦合态势可分为磨合消耗阶段(1994-1998年)、快速消耗阶段(1999-2003年)、快速协调阶段(2004-2007年)和磨合协调阶段(2008-2015年),揭示了生态农业政策的短期效益,预示流域农业面源污染治理的困境。系统耦合测度有效识别了洱海流域生态-农业系统演化阶段与特征,农业生产方式制约着洱海流域生态-农业系统协调耦合,磨合协调阶段下农业面源污染治理需要持续推进。