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利用Tandem Repeats Finder程序，以大于15bp，匹配值为80％的标准，对已经公布的1162745条玉米EST序列中的SSR进行查找，共发现一至六核苷酸重复的SSR序列84314个，占1162745个EST序列的7．25％。组成这些SSR的主要基序有A，C，AG，GGC，AGG，AAC，AAGT，AAAT，ACAT，AGAT，AGGT，AGAGG，AAAAG，AGGGG，AAAGC，GCCGAG，CGGCGT，CGCCGG，GCGGCA和CGCTGC，且以单核苷酸重复的SSR数量最多，为