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甲基化CpG结合域（methyl-CpG-binding domain，MBD）蛋白家族在基因的转录调控中发挥重要作用。MBD蛋白功能的实现需要蛋白的MBD结构域和基因组的甲基化CpG位点，它们通过异染色质的形成，组蛋白去乙酰化以及DNA甲基化修饰，进而产生基因表达抑制作用。但是，一些MBD蛋白也可以结合非甲基化DNA，并通过蛋白其他的结构域或者与核小体重塑及去乙酰化酶（nucleosome remodeling deacetylase，NuRD）／Mi-2复合物的相互作用来发挥转录激活作用和多向分化潜能