虽然H3、H9亚型禽流感病毒(Avian infl uenza virus,AIV)是低致病性禽流感病毒,但其具有跨宿主感染哺乳动物的能力,对社会公共卫生安全具有重大的潜在危害,因而对这些亚型病毒的监测极其重要。通过比对GenBank上H3、H9亚型禽流感病毒HA基因序列,设计了分别针对H3 AIV和H9 AIV的特异性探针。特异性试验和标准曲线试验的结果显示,这两个探针仅分别特异性识别H3、H9亚型AIV,且具有较好的扩增效率。通过重组质粒pMD19-T-H3HA和pMD19-T-H9HA 10倍梯度稀释液为模板,进行敏感性实验。结果表明,本研究所建立的荧光定量PCR方法能检测到100个DNA拷贝数H3 AIV和10个DNA拷贝数的H9 AIV,比传统PCR方法敏感性分别提高了100倍和1000倍。此外,本方法还能检测到10 EID50的H3亚型AIV或H9亚型AIV,比传统PCR方法检测敏感性均提高了1000倍。批间和批内试验的变异系数均小于3%,表明本研究建立的方法具有较好的重复性。此外,与传统PCR方法相比,用H3、H9亚型AIV双重荧光定量PCR方法检测人工感染动物的肺组织时,针对H3 AIV的敏感性提高了10~100倍,针对H9 AIV的敏感性提高了100倍。综上所述,本研究所建立的H3、H9亚型禽流感病毒双重荧光定量PCR方法具有较高的特异性和敏感性,对H3、H9亚型禽流感病毒监测具有重要的应用价值。