目的：为了提高子宫内膜异位症术后治疗的效果，降低疾病的再次复发率，本文对两种药物在子宫内膜异位症术后的临床治疗效果进行分析与探讨。方法将2012年09月至2013年09月本院所收治的子宫内膜异位症患者102例作为本次研究的主要对象，按随机表法将其平均分为两组，即甲组与乙组，其中对甲组患者采取GnRH-a药物进行治疗，而对乙组患者采取孕三烯酮药物予以治疗，且对两组患者的临床效果、复发率等情况进行对比、分析。结果经治疗后，甲组患者的完全缓解率显著优于对照组患者的完全缓解率，差异有统计学意义（P＜0.05）；甲组患者的复发率与乙组相比，差异无统计学意义（P>0.05）；甲组患者的各性激素指标显著低于乙组，差异有统计学意义（P＜0.05）。结论在子宫内膜异位症术后用药过程中，采取GnRH-a药物治疗，其疗效更胜于孕三烯酮，且不良反应少，安全性高，值得在临床上大力推广与使用。