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目的研究丙型肝炎病毒（HCV）不同基因型膜区序列变异及其变异规律。方法克隆不同基因型HCV的膜区基因，序列测定，核苷酸和氨基酸序列比较和分析。结果不同基因型膜区基因相似性不同，从同一血清样本获得的不同克隆间，其同源性核苷酸大于99.2%，氨基酸大于99.9%。相同亚型核苷酸和氨基酸同源性大于80%。同型基因核苷酸和氨基酸同源性分别为（63.9～75.0）%和(64.9～72.8)%。异型基因同源性核苷酸为（59.4～67.0）%，氨基酸为（56.5～66.3）%。氨基酸序列变化在某些部位有一定保守性。不同基因HCV高变区（HVR）的亲水性和疏水性变化小于其下游3′端区域。结论 HCV基因变化可能有一定规律性。