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基因型鉴定是作物分子标记辅助育种和基因功能遗传分析中十分重要的环节，此项技术的应用正日渐频繁，因而迫切需要一种高通量筛选的方法。本试验以南瓜中筛选到的互补型SSR引物为验证手段，在种子阶段比较了钻孔法和萌芽法采用碱煮法提取DNA的效果，并且在成熟植株阶段验证了各组织部位采用碱煮法提取DNA的效果。结果表明：使用萌芽的南瓜种子根尖以碱煮法提取DNA是可用于种子纯度测定的快速方法；成熟植株各部位采用碱煮法提取DNA均可用于植株基因型筛选。