目的呼吸道感染儿童鼻咽抽吸物(NPA)和肺泡灌洗液(BALF)的病原学差异分析。方法采集本院儿科住院治疗的急性呼吸道感染的140例患儿的NPA和BALF,比较NPA和BALF中各病原体检出率和不同疾病患者各病原体检出率的差异,以及NPA和BALF中各病原体单纯感染率和混合感染率的差异。结果与BALF相比,NPA中细菌检出率(17.14%vs 8.57%)和非典型病原体检出率(84.29%vs 69.29%)分别高于BALF(P均<0.05);NPA中病毒检出率低于BALF中的检出率(6.43%vs 14.29%)。NPA中非典型病原体的单纯感染高于混合感染(45.0%vs 12.86%);BALF中非典型病原体的单纯感染高于混合感染(50.71%vs 18.57%)(P<0.05)。肺炎患者的细菌、病毒、非典型病原体检出率均高于支气管炎、毛细支气管炎患者(P<0.05)。结论鼻咽抽吸物中细菌和非典型病原体的检出率高于肺泡灌洗液,病毒的检出率低于肺泡灌洗液,肺炎中病原体的检出率高于支气管炎、毛细支气管炎患者。