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国库集中支付制度是市场经济国家普遍实行的现代国库管理制度。处理好事业单位国库集中支付系统与会计电算化账套的衔接,应明确国库集中支付制度与会计电算化关系;做好国库集中支付的日常支出明细登记工作;根据＂政府收支分类科目＂设置账套相应内容;根据国库支付付款传票进行账务处理以及做好国库集中支付内部与会计电算化之间的对账等。