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近年来,重大传染病疫情在全球范围内时有发生,临床微生物实验室在重大传染病的诊断、治疗和防控工作中具有至关重要的作用。本指导原则结合当前新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情及中国临床微生物实验室现状,针对临床微生物实验室应对重大传染病疫情应具备的综合能力,从实验室建筑布局、实验室管理及生物安全、技术平台建设、人员能力建设、质量保证和临床研究能力提升等方面,提供了指导意见。以实现平战结合,在加强临床微生物实验室能力建设的基础上,满足重大传染疫情突发和常态化检验需求。