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针对线性反馈移位寄存器(LFSR)序列生成多项式的估计问题,提出了一种基于LFSR序列有限域傅里叶变换(GFFT)的估计方法。首先证明了LFSR序列GFFT的非零点与LFSR序列生成多项式的零点之间的对应关系,进而利用该性质实现LFSR序列生成多项式的快速估计,并给出了算法在误码环境下的改进方法。仿真实验验证了算法的有效性,并对算法的计算复杂度进行了理论分析。和已有算法相比较,本文提出的算法具有更高的计算效率。