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由于受品种的抗病能力限制以及辣椒茬口的影响，目前辣椒生产上的病虫危害普遍较重，不仅茎叶发病厉害，而且像枯萎病、根腐病等一些土壤病害的发生程度也较严重，生理病害也有加重的趋势。突出的细菌性叶斑病在雨水充足的年份发病率非常高．引起植株干枯落叶，发病普遍且危害严重。苗期病害更要注意防治，主要有立枯病、猝倒病及根腐病三种。