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针对小目标高效探测声呐数据采集系统高精度和实时性要求,设计了一种基于FPGA+ARM的声呐数据采集传输系统。利用FPGA的高度并行处理能力采集多通道声呐数据,利用ARM强大的数据处理能力和灵活的进程运行能力,解析、拆分下控协议,计算参数数据,转换格式,控制电子线路各电路板运行状态。实验结果证明该系统具有高可靠性、高精度及低噪声等优点。