目的了解陕西省近年来发现的男男性行为人群(Men who have sex with men,MSM)中,艾滋病病毒(Human immunodeficiency virus,HIV)流行株的基因序列特征、亚型、流行现状和趋势,为艾滋病防治工作提供科学依据。方法对HIV感染者进行流行病学相关因素调查,无菌采集全血,分离血浆提取病毒核酸,应用套式反转录聚合酶链式反应(Nested reverse transcription-polymerase chain reaction,Nested RT-PCR)扩增gag、env和pol基因的部分片段,并对扩增产物进行测序,用Mega 5.0软件将测序结果与各亚型国际参考株比对,根据基因离散率和系统进化树分析确定基因型及其特征。结果 71份样本中成功获得51份PCR扩增阳性产物并得到相应序列。综合gag、env和pol基因离散程度和系统进化树分析发现,陕西省MSM人群中至少存在3种HIV-1基因亚型和重组毒株(即B亚型、CRF01_AE和CRF07_BC重组型)。其中CRF01_AE为主要流行株,共28例(54.9%),其次是CRF07_BC重组型20例(39.2%)和B亚型3例(5.9%),重组型占到了94.1%(48/51)。根据基因离散率,在三种不同基因片段中,以env基因变异程度最大,HIV-1B亚型、CRF07_BC和CRF01_AE重组型的组内离散率分别为(12.8%±1.2%)、(6.6%±0.6%)和(8.4%±0.7%)。结论首次在陕西省MSM人群HIV感染者中,发现至少存在HIV-1B亚型和CRF01_AE、CRF07_BC重组型,以CRF01_AE重组型为主。该人群显示多亚型且近期呈高度流行的趋势。加强对MSM人群的行为干预,控制HIV在MSM人群中的传播,将是今后陕西省艾滋病防治工作的重点之一。