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科研投入产出绩效评价是影响科研事业发展的重要因素，加强对自然科学基金投入产出的研究，有利于优化国家自然科学基金资源配置，改善国家自然科学基金的宏观管理。采用投入导向型的数据包络分析模型与文献计量学相结合的方法，运用MyDEA软件求解国家自然科学基金（面上与重点项目）1996—2005年间科研投入产出的DEA效率值，发现国家自然科学基金投入产出相对效率呈现下降趋势，需要采取有利的科研政策提高自然科学基金的利用效率。