基于癌症基因组图谱数据分析筛选结肠癌预后相关长链非编码RNA

来源 :现代肿瘤医学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：jy02324491

【摘要】

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目的:通过分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库中有关结肠癌的转录组测序数据,筛选结肠癌预后相关长链非编码RNA(lncRNA),寻找新的lncRNA结肠癌分子标志物。方法:下载TCGA数据库

【作者】

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闫军浩郭魁元吴万庆罗昭峰杨战锋王冬阳王争

【机构】

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郑州大学第五附属医院胃肠甲状腺外科,上海交通大学附属仁济医院胃肠外科

【出处】

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现代肿瘤医学

【发表日期】

：

2020年17期

【关键词】

：

结肠癌长链非编码RNA 生存预后 colon cancerlncRNAsurvivalprognosis

【基金项目】

：

上海市科学技术委员会科研计划项目(编号:19140903002)

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目的:通过分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库中有关结肠癌的转录组测序数据,筛选结肠癌预后相关长链非编码RNA(lncRNA),寻找新的lncRNA结肠癌分子标志物。方法:下载TCGA数据库中结肠癌转录组测序数据及结肠癌患者临床资料,利用R语言进行数据整理。采用edgeR包筛选差异表达lncRNA,采用单因素Cox回归模型对差异表达lncRNA进行生存分析。提取与这些lncRNA共表达的编码基因,行京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。结果:差异表达分析共筛选出227个在肿瘤各TNM分期中均异常表达的

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