【摘 要】
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目的对用表达序列标签(Expression Sequence Tag,EST)策略从日本血吸虫尾蚴cDNA文库中筛选出的新基因进行功能预测.方法用NCBI站点的BLASTx及BLASTn程序对所获得的新基因序列
【机 构】
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第一军医大学寄生虫学教研室,广州,510515;中山大学生物防治国家重点实验室
【基金项目】
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联合国发展计划署(UNDP)资助项目;培训特别规划署资助项目
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目的对用表达序列标签(Expression Sequence Tag,EST)策略从日本血吸虫尾蚴cDNA文库中筛选出的新基因进行功能预测.方法用NCBI站点的BLASTx及BLASTn程序对所获得的新基因序列进行同源性搜索;用NCBI BLAST站点的blast two sequence程序对同源性高的基因进行核苷酸及氨基酸水平的同源性比较;利用Motif Scan in a Protein Sequence对cDNA序列所编码的蛋白质进行结构域搜索;利用CD-Search程序对目标蛋白进行保守区域搜索.结果发现一个与曼氏血吸虫22 kDa单核苷酸激酶mRNA高度同源的日本血吸虫新基因,基因与氨基酸水平的同一性均分别为86.0%和87.0%;蛋白结构域搜索及保守区域搜索结果显示,该cDNA序列所编码的蛋白质是一种腺苷酸激酶. 结论用EST策略筛选新基因是一个可行的方法,所筛到的日本血吸虫新基因编码一种腺苷酸激酶,全长编码序列与曼氏血吸虫腺苷酸激酶mRNA高度同源.
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