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根据科技创新的阶段性特点，将科技创新划分为两个阶段：科技创新的科技产出效率和经济社会转化效率。利用DEA方法和Malmquist指数模型对转型中的资源大省山西省和黑龙江省9个煤炭城市2005-2007年科技创新两阶段效率的变动趋势进行了实证分析。结果显示大多数煤炭城市第一阶段科技产出效率逐渐提高，第二阶段科技创新的经济社会转化效率逐渐下降，效率变动的主要原因是两阶段的规模效率均偏低；运用Malmquist指数模型分析，创新的科技产出效率的提升来源于第一阶段的技术效率的提高和技术进步。在第二阶段，科技创新的