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大学制度建设的内容包括建立现代性的制度体系及其实施两个方面。目前大学制度建设普遍存在制度建设的民主性、科学性、制度创新欠缺及制度实施方面的问题,其核心原因在于两方面：一是大学的行政权力与学术权力不相协调,行政权力干预学术权力现象严重;二是大学的组织结构与管理层级的不协调、不科学。应当通过努力推行教授治学、防止行政权力干预学术权力,以及推行院系改革、增强院系的自主权、完善大学的组织结构两大方面来促进和完善大学的制度建设。