基于多路径广度优先搜索算法的代谢通路设计与实现

来源 :集成技术 | 被引量 : 0次 | 上传用户：hehan1127

【摘要】

：

寻找从底物到产物的可行代谢通路是代谢工程设计中的核心环节.针对复杂代谢网络中代谢通路不唯一的情况以及传统K条最短路径(K-Shortest Path,KSP)算法效率低的问题,该文通过对传统KSP算法的优化,引入关键边概念以减少非必要的重复计算;搭建代谢通路设计Web平台,使用并行计算方式提升了算法运算性能.最终,通过引入代谢网络图,对改进KSP算法的多路径搜索效率进行验证,结果显示较传统KSP算法有5～9倍的性能提升.

【作者】

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黄祖成沈梦圆侯至丞 TOKUYASU Taku Andrew 蒙海林

【机构】

：

广州中国科学院先进技术研究所机器人与智能装备研究中心广州 511458;广州中国科学院先进技术研究所生物工程研究中心广州 511458;中国科学院深圳先进技术研究院深圳合成生物学创新研究院

【出处】

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集成技术

【发表日期】

：

2021年5期

【关键词】

：

代谢通路多路径搜索合成生物学算法

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