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自主创新项目区别于传统项目的显著特点是信息的高度不对称性和风险的不确定性，因此基于传统项目的评价方法（NPV法）已经不再具有适用性。本文提出了融入实物期权思想的自主创新项目评价方法，考虑了项目由于柔性经营的期权价值，能更准确地反映项目的价值，从而提高投资决策的可行性和合理性。实物期权在自主创新项目中的应用，使投资者能根据内外环境的变化灵活选择投资决策，从而保证自主创新投资项目的实现，提高自主创新成果的转化率，进而实现产业化。