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在对卷烟企业科技投入管理的复杂性及传统科技投入管理模式分析的基础上,结合多年来从事科研管理工作的经验,认为目前科技投入管理正朝着综合化、精细化、同步化、信息化的方向发展。对科技经费管理的创新模式—三维核算结构模式及其在数据处理中的系统应用和产品（Systems Applications and Products in data processing,SAP）系统中的建立进行了探讨,最后对新模式与科技投入管理实践对接时需要注意的问题作了论述。