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1949～1965年是我国金融业发展的一个重要时期。在这段时期，围绕着服务国家经济建设的中心，我国农村金融机构在设置和职能分工上经历了一个逐步建立和发展的过程。其间，1951年8月至1952年7月、1955年3月至1957年4月、1963年11月至1965年11月，中国农业银行经历了三次成立和撤销。农业银行三次成立和撤销的原因是多方面的，但其中一个很重要的原因可以说是中国人民银行和农业银行在农村基层机构设置以及职能分工上的矛盾达到了无法调和的程度。本文试图对农业银行三次存在期间中国人民银行和农业银行间矛盾产生的原因、过程以及机构设置过程中的职能划分等进行探究和分析，以期在某种程度上对市场经济条件下中国农村金融机构的设置和变迁路径提供一种思路和借鉴。
建国初期中国人民银行机构设置和职能定位
1948年12月1日中国人民银行成立后，在总行内设五个处，分别为人事处、秘书处、货币发行处、会计处、业务处。至1949年年底，中国人民银行总行内设机构增至17个，其中与农村金融业务有关的机构为农业放款管理处，并在全国建立起了各层级的分支机构。对应当时的行政区划，中国人民银行在全国范围内建立了华东、中南、西北、西南4个区行，在40个省、市建立了分行，并建立了1200多个县（市）支行及办事处。1950年3月第一届全国金融会议召开后，同年11月根据《中国人民银行试行组织条例》的规定，中国人民银行总行机构缩减为13个，与农村金融有关的业务划归放款管理处，同时在大行政区设区行、省设分行、县设支行、镇设营业所，并在中央及大行政区直辖市设分行或支行，下设办事处、分理处，执行各地具体业务，建立起了总、区、分、支四级管理体制。至1951年11月，除西藏和台湾外，中国人民银行在全国均建立了分支机构，尤其是在县及县以下基本设立了营业机构，实现了全覆盖。
1955年5月根据《关于中国人民银行机构设置等问题的通知》，中国人民银行机构的设置遵循配合行政区划为原则，在全国范围内进行了调整，实现了从省、区、县直至基层的逐级设置，确立了总行、分行、支行、营业所（储蓄所、办事处为同级机构）的分级经营管理体制。至1956年末，总行内设机构19个、职工人数2088人；至1957年底，全国银行职工总数达到36万人。1958年至1960年“大跃进”使中国人民银行的机构设置和业务开展受到较大削弱和影响。1962年3月《银行工作六条》和6月《关于改变中国人民银行在国家组织中地位的通知》发布，明确了中国人民银行的职能定位，规定其既是国家管理金融的行政机关，同时也是国家办理信用业务的经济组织；全国的现金管理、信贷管理和信贷监督均需得到中国人民银行的授权。由此，中国人民银行总行由从国务院直属机构升格为与国务院所属部、委居于同等地位，正式成为政府管理机构之一；其分行、专区中心支行、县支行也分别同省、直辖市、自治区所属各厅和专、县所属各局，属于同样的地位。来自中央的大力支持使中国人民银行工作得到了迅速恢复和发展。
两届农业银行期间两行关系
农业银行，即农业合作银行第一次成立时间为1951年8月，由于仅在总行设立相关职能部门，未设立分支机构，基本上没有开展农业金融业务，基层农村金融工作仍由中国人民银行办理。1952年7月，在国家精简机构的大背景下，农业银行被撤销，因此农业银行在第一次存在期间与中国人民银行在农村基层机构设置和职能分工上不存在矛盾的问题。
1952年党在过渡时期的总路线和总任务提出后，农业合作化运动在全国上下开展起来。为配合农业合作化运动，成立一个专门办理国家对农业的投资和农业长期放款、负责农业的专门金融机构就非常必要。在中国人民银行的提议下，中央农村工作部以及国家财政部、农业部、林业部、水利部、人民银行共同参与了农业银行的筹备工作。1955年3月，国务院批准成立中国农业银行，随后中国人民银行拟定了《中国农业银行暂行条例（草案）》，对农业银行的业务范围、机构设置及隶属关系给予了初步规定，允许中国农业银行设立总、分、支机构，其中在中央设立总行，在省、自治区及中央直辖市设分（市）行，在专区、自治州设中心支行，在县设立支行，在县以下视情况设立营业所。
对于允许农业银行在县以下设立营业所的情况，中国人民银行还作了不同区分：一是在中国人民银行设有营业所的区，农业银行应在人民银行营业所内派驻若干人的工作组，专营农业银行的工作；二是在没有中国人民银行营业所的区，允许农业银行可以根据工作需要设立营业所；三是在信用社基础较好，且能大部分代理农业银行业务的区，由县支行通过信用社开展业务，不再建立营业所。可以看出，中国人民银行尽管允许农业银行在县以下也就是在农村设置基层机构，但没有完全放权，相反则是对农业银行进行了诸多限制。通观这一时期中国人民银行在农村的金融机构设立多为营业所，在全国范围内的覆盖面很广，而对农业银行来说，其在农村无论是在机构设置还是开展金融业务，都是无法有效开展的，也为中国人民银行和农业银行在农村机构设置上矛盾的产生、存在、发展和最終以撤销农业银行作为解决问题的办法埋下了伏笔。此外，农业银行第二次成立后，在随后开展的建立机构过程中，中国人民银行与农业银行双方对机构设置、领导关系、业务分工等方面，既存在着认识问题，也存在着实际问题，这毫无疑问在很大程度上影响着农业银行建行的速度和业务的开展。
通过梳理，可以看出中国人民银行和农业银行双方矛盾发展经历了一个逐渐发展过程。首先，中国人民银行执行建立农业银行的中央方针时，就没有将县以下的中国人民银行和农业银行分工中存在的问题予以适当解决。尤其是1955年下半年以来，一直对是否建立农业银行的县支行问题没有明确态度，既影响了干部的情绪，也影响了农业银行业务的正常开展。随后，在农业银行成立一年后，1956年4月中国人民银行党组向中央报送了《关于解决农业银行建行中存在问题的请示报告》，对农业银行原有建行方案和原则提出重大修改，并获国务院批准。修改主要涉及了四个方面：一是在组织关系上将最初建行时规定的“农业银行省分行受当地人民银行指导”改为“受当地人民银行‘领导’”，改变了农业银行省分行的领导隶属关系。二是对县农业银行的领导隶属关系进行了重新确定，规定受当地人民银行领导，且农业银行县支行行长由当地人民银行行长兼任。三是在营业所的设置上，改变了分别三种不同情况采取三种不同形式的最初规定，而是提出了不宜分开的主张，认为仍应作为人民银行的基层机构，但在农贷和信用合作工作上仍受农业银行县支行的领导。由此，中国人民银行垄断了大部分农村金融业务，而农业银行则陷入了机构隶属不清、业务分工不清、工作职能不清的尴尬处境。 1957年2月，中国人民银行总行正式向国务院上报《关于将农业银行重新和人民银行合并的请示报告》，对两行合并的理由进行了阐述，并对撤销农业银行后农村金融业务的开展和归属进行了规划。同年4月12日，国务院正式发出《关于撤销中国农业银行的通知》，基本上采纳了中国人民银行的建议，对撤销农业银行的原因作了说明：一是人民银行和农业银行的业务很难划分，尤其是在县级以下的工作更难划分，不利于农村金融工作的开展；二是分别设立两行，需要增加大量机构和干部，既增加费用开支，又不能统筹使用干部，并规定在各级农业银行并入人民银行后，人民银行立即设立专管农村金融业务的金融机构，即将中国农业银行总行改为中国人民银行农村金融管理局，统一负责办理今后农村的信贷工作。
第三次农业银行期间两行关系
在1962年至1964年国家大办农业、大办粮食的大背景下以及“调整、巩固、充实、提高”的国民经济八字方针调整时期，农村金融工作在实际中面临两个重点和难点：一是如何统一管理农业资金需要，二是如何提高农业资金的使用效益。面对问题，最初的解决办法是1963年3月召开全国农村金融工作会议，着重研究如何管好用好农业资金问题，并出台了《关于全国农村金融工作会议的报告》，提出了按政策、按计划、按制度管好用好国家支援农业资金的具体措施。同年7月，成立中央、省、专、县各级农业资金小组，由各级农林办公室、财贸办公室、计委、农业、水利、财政、银行、商业、供销社等有关部门参加，负责领导各有关部门管好、用好国家直接支援农业集体经济的资金。但在实际实施过程中，效果并不理想。因此，成立一个专门金融机构专门负责管理国家支援农业资金，成为解决问题的必然选择。
在周总理的提议下，1963年10月国务院召开第136次全体会议，决定再次成立中国农业银行，作为国务院的直属机构，并提请全国人大常委会审议批准。同年11月全国人大常委会第106次会议审议通过。从农业银行第三次成立的方式和程序，可以看出此次是在国务院主导下成立的，而非由中国人民银行主持农业银行的成立。在隶属关系上，第三次成立的农业银行也直属国务院，而非隶属于中国人民银行。
1963年10月，中共中央、国务院颁发《关于中国农业银行统一管理国家支援农业资金的决定》。该《决定》对于农业银行来说，可以说在一定程度上摆脱了中国人民银行对其职能定位、机构设置和管理的束缚，从愿望上讲应该可以更好地发挥管理农业资金的作用。规定要求：中国农业银行是国家设立的专业银行，是国务院的一个直属机构，自上而下建立垂直系统，中央一级设总行，省、直辖市、自治区设分行，专区设中心支行，县设支行，区或相当于区的农村人民公社设立营业所。同时要求中国人民银行将现有的农村金融工作人员，全部划归农业银行，并且为农业银行配备一批会计人员和领导干部。从规定中可以看出，第三次设立农业银行的最初设想是在业务上和机构上完全独立于中国人民银行，独自承担起管理国家支援农业资金的工作。
1963年11月，中国人民银行和农业银行两总行共同召开了全国分行行长会议，随后又联合下发了两次通知，从机构设置、干部队伍建设、业务及财务交接、建立各级政治工作机构等方面进行了协调和分工。其中，在机构设置上，两行达成的一致意见是统一安排两行在基层的机构：在部分经济比较集中的地区，中国人民银行和农业银行均设立基层机构；在工商信贷业务比较少的地區，中国人民银行视需要派少数人入驻农业银行营业所，对外挂中国人民银行的牌子，以中国人民银行的名义办理人民银行的业务；在一部分工商信贷业务很少地区，可由农业银行营业所代理。在一部分农业拨款和贷款少的地区，也可由中国人民银行办事处代理农业银行的业务，或由农业银行派人入驻中国人民银行办事处，对外挂农业银行的牌子，以农业银行的名义办理农业银行的业务。对互相派驻人员，两行还在协商后决定，业务工作受各自上级行的领导，但政治生活和日常行政工作，接受驻在的营业所主任或办事处主任领导。
根据新的分工，人民银行和第三次成立后的农业银行正式在全国各自开展业务。但在随后的一年中，从各地实际执行情况来看，对两行在业务分工和机构设置的掌握和实际运用上出现了许多偏离和背离最初设想的情况，如许多地区在业务量并不很大的地方分设了人行和农行的两个机构；在中国人民银行派驻在农业银行营业所办公的地方，也在内部分设出了两套账目。上述情况必然导致了两行在机构设置和人员配备上的重复和浪费，既不利于两行分别更加深入基层开展业务，也不利于在农村信贷和工商信贷两项业务间更好地配置业务力量，同时对各自派驻人员实行分别管理也不利于两行之间更好地团结与协作。有鉴于此，1964年11月，国务院发出《关于调整中国人民银行和中国农业银行农村基层机构的通知》，对两行现有的农村基层机构设置进行了调整，规定除个别大集镇外，在区或相当于区的公社所在地，中国人民银行、农业银行合设为一个机构，受中国人民银行、农业银行的县支行双重领导，但同时规定以农业银行为主。从这个通知可以看出，国务院旨在解决两行之间在基层机构设置上的矛盾，但在实际运行中导致了两种现象的发生：一是规定中国人民银行、农业银行县支行双重领导，尽管在形式上统一，但在实际中仍是各自管各自，时常出现意见不统一的问题，存在多头领导的现象；二是规定以农业银行为主，导致部分人民银行县支行对营业所的工作缺乏主动；三是多数基层营业所在实际工作中倾向于以农业银行为主的原则，但忽略了同时作为中国人民银行基层机构的双重职责。
在国务院多次修订调和方案无效后，为最终解决上述问题，从1964年年底开始遵照国务院的批示，中国人民银行和农业银行在农村的基层机构开始陆续进行合并。1965年8月，中国人民银行召开了全国分行行长座谈会，对两行的矛盾和解决办法进行了更深层的讨论。在座谈会上，时任国务院财贸办公室副主任的姚依林，传达了中央对解决两行矛盾问题的意见，即倾向于两行合并。据此，1965年10月，中国人民银行和农业银行两总行党组联合向党中央、国务院报送了《关于中国农业银行同中国人民银行合并的请示报告》，在阐述了合并理由后，提出出于精简和备战的考虑，两行机构从上至下进行合并，并对合并后原中国农业银行的业务和人员进行了安排。同年11月，中央予以批准。
两行矛盾原因解析
1949～1965年，中国金融体系经历了一个从构建、发展到逐步自成体系的过程，其显著标志就是金融机构的设置和调整。其中，从1949年至1952年是中国金融机构体系的初创时期；从1953年至1957年，中国金融机构在“一五”时期的大背景下进行了一轮大规模的调整而初具规模；从1958年至1965年，中国金融机构经历了大跃进和国民经济恢复时期，成为了单纯供应资金的“第二财政”。
为服务于国家经济建设的全局，农村金融管理机构在中国人民银行和农业银行间来回交替担任，其间以农业银行经历了三次成立和撤销为特征，实现了农村金融机构的不断调整。纵观建国初期我国农村金融机构的设置和运行，可从国家意志、对市场规律的认知等方面进行分析：
国家意志在农村金融机构的设置和发展方向上起着决定性的作用。从农业银行第二次和第三次成立和撤销中，可以看出中国人民银行和农业银行在基层机构设置和管理以及人员配置上存在矛盾，但始终无法得到有效解决。尽管通过两次成立和撤销农业银行，从国家层面角度只是暂缓了两行之间的矛盾，却未从根本上找出问题的原因，更无法从制度层面上来解决问题。但从中也可以看出，即国家意志对计划经济时期金融机构的设置和发展方向起着决定性的作用，通过掌控农村金融机构的设置，实现国家既定的战略目标，也在很大程度上影响了农村金融体系以及整个国家金融体系的发展。对于这种影响的利弊，可以说在某些特定的时期和形势下，发挥了积极的作用，但在另一些特定的时期和形势下，无疑将起到了阻碍和延缓作用，干扰和影响了农村金融的良性和健康发展。
对金融体系及机构运行规律的认识不足导致了农村金融机构设置和运行的随意性。可以看出，受国家认知局限的影响，从建立之初起，中国人民银行对自身的定位和职责就没有一个比较清楚的认识，过于强调为国家利益服务，而没有考虑到金融机构市场化的一面，因此导致了在全国范围内既当“裁判员”，又当“运动员”，不仅对其他金融机构实施监管，同时全面经营银行业务，甚至与农业银行开展业务“竞争”，这在第二次农业银行存在期间表现尤为明显。这无疑必然导致金融机构间无法有效地真正开展商业运作，无法正常开展同业竞争，从而进一步影响到金融制度的健康发展。
建国初期中国人民银行机构设置和职能定位
1948年12月1日中国人民银行成立后，在总行内设五个处，分别为人事处、秘书处、货币发行处、会计处、业务处。至1949年年底，中国人民银行总行内设机构增至17个，其中与农村金融业务有关的机构为农业放款管理处，并在全国建立起了各层级的分支机构。对应当时的行政区划，中国人民银行在全国范围内建立了华东、中南、西北、西南4个区行，在40个省、市建立了分行，并建立了1200多个县（市）支行及办事处。1950年3月第一届全国金融会议召开后，同年11月根据《中国人民银行试行组织条例》的规定，中国人民银行总行机构缩减为13个，与农村金融有关的业务划归放款管理处，同时在大行政区设区行、省设分行、县设支行、镇设营业所，并在中央及大行政区直辖市设分行或支行，下设办事处、分理处，执行各地具体业务，建立起了总、区、分、支四级管理体制。至1951年11月，除西藏和台湾外，中国人民银行在全国均建立了分支机构，尤其是在县及县以下基本设立了营业机构，实现了全覆盖。
1955年5月根据《关于中国人民银行机构设置等问题的通知》，中国人民银行机构的设置遵循配合行政区划为原则，在全国范围内进行了调整，实现了从省、区、县直至基层的逐级设置，确立了总行、分行、支行、营业所（储蓄所、办事处为同级机构）的分级经营管理体制。至1956年末，总行内设机构19个、职工人数2088人；至1957年底，全国银行职工总数达到36万人。1958年至1960年“大跃进”使中国人民银行的机构设置和业务开展受到较大削弱和影响。1962年3月《银行工作六条》和6月《关于改变中国人民银行在国家组织中地位的通知》发布，明确了中国人民银行的职能定位，规定其既是国家管理金融的行政机关，同时也是国家办理信用业务的经济组织；全国的现金管理、信贷管理和信贷监督均需得到中国人民银行的授权。由此，中国人民银行总行由从国务院直属机构升格为与国务院所属部、委居于同等地位，正式成为政府管理机构之一；其分行、专区中心支行、县支行也分别同省、直辖市、自治区所属各厅和专、县所属各局，属于同样的地位。来自中央的大力支持使中国人民银行工作得到了迅速恢复和发展。
两届农业银行期间两行关系
农业银行，即农业合作银行第一次成立时间为1951年8月，由于仅在总行设立相关职能部门，未设立分支机构，基本上没有开展农业金融业务，基层农村金融工作仍由中国人民银行办理。1952年7月，在国家精简机构的大背景下，农业银行被撤销，因此农业银行在第一次存在期间与中国人民银行在农村基层机构设置和职能分工上不存在矛盾的问题。
1952年党在过渡时期的总路线和总任务提出后，农业合作化运动在全国上下开展起来。为配合农业合作化运动，成立一个专门办理国家对农业的投资和农业长期放款、负责农业的专门金融机构就非常必要。在中国人民银行的提议下，中央农村工作部以及国家财政部、农业部、林业部、水利部、人民银行共同参与了农业银行的筹备工作。1955年3月，国务院批准成立中国农业银行，随后中国人民银行拟定了《中国农业银行暂行条例（草案）》，对农业银行的业务范围、机构设置及隶属关系给予了初步规定，允许中国农业银行设立总、分、支机构，其中在中央设立总行，在省、自治区及中央直辖市设分（市）行，在专区、自治州设中心支行，在县设立支行，在县以下视情况设立营业所。
对于允许农业银行在县以下设立营业所的情况，中国人民银行还作了不同区分：一是在中国人民银行设有营业所的区，农业银行应在人民银行营业所内派驻若干人的工作组，专营农业银行的工作；二是在没有中国人民银行营业所的区，允许农业银行可以根据工作需要设立营业所；三是在信用社基础较好，且能大部分代理农业银行业务的区，由县支行通过信用社开展业务，不再建立营业所。可以看出，中国人民银行尽管允许农业银行在县以下也就是在农村设置基层机构，但没有完全放权，相反则是对农业银行进行了诸多限制。通观这一时期中国人民银行在农村的金融机构设立多为营业所，在全国范围内的覆盖面很广，而对农业银行来说，其在农村无论是在机构设置还是开展金融业务，都是无法有效开展的，也为中国人民银行和农业银行在农村机构设置上矛盾的产生、存在、发展和最終以撤销农业银行作为解决问题的办法埋下了伏笔。此外，农业银行第二次成立后，在随后开展的建立机构过程中，中国人民银行与农业银行双方对机构设置、领导关系、业务分工等方面，既存在着认识问题，也存在着实际问题，这毫无疑问在很大程度上影响着农业银行建行的速度和业务的开展。
通过梳理，可以看出中国人民银行和农业银行双方矛盾发展经历了一个逐渐发展过程。首先，中国人民银行执行建立农业银行的中央方针时，就没有将县以下的中国人民银行和农业银行分工中存在的问题予以适当解决。尤其是1955年下半年以来，一直对是否建立农业银行的县支行问题没有明确态度，既影响了干部的情绪，也影响了农业银行业务的正常开展。随后，在农业银行成立一年后，1956年4月中国人民银行党组向中央报送了《关于解决农业银行建行中存在问题的请示报告》，对农业银行原有建行方案和原则提出重大修改，并获国务院批准。修改主要涉及了四个方面：一是在组织关系上将最初建行时规定的“农业银行省分行受当地人民银行指导”改为“受当地人民银行‘领导’”，改变了农业银行省分行的领导隶属关系。二是对县农业银行的领导隶属关系进行了重新确定，规定受当地人民银行领导，且农业银行县支行行长由当地人民银行行长兼任。三是在营业所的设置上，改变了分别三种不同情况采取三种不同形式的最初规定，而是提出了不宜分开的主张，认为仍应作为人民银行的基层机构，但在农贷和信用合作工作上仍受农业银行县支行的领导。由此，中国人民银行垄断了大部分农村金融业务，而农业银行则陷入了机构隶属不清、业务分工不清、工作职能不清的尴尬处境。 1957年2月，中国人民银行总行正式向国务院上报《关于将农业银行重新和人民银行合并的请示报告》，对两行合并的理由进行了阐述，并对撤销农业银行后农村金融业务的开展和归属进行了规划。同年4月12日，国务院正式发出《关于撤销中国农业银行的通知》，基本上采纳了中国人民银行的建议，对撤销农业银行的原因作了说明：一是人民银行和农业银行的业务很难划分，尤其是在县级以下的工作更难划分，不利于农村金融工作的开展；二是分别设立两行，需要增加大量机构和干部，既增加费用开支，又不能统筹使用干部，并规定在各级农业银行并入人民银行后，人民银行立即设立专管农村金融业务的金融机构，即将中国农业银行总行改为中国人民银行农村金融管理局，统一负责办理今后农村的信贷工作。
第三次农业银行期间两行关系
在1962年至1964年国家大办农业、大办粮食的大背景下以及“调整、巩固、充实、提高”的国民经济八字方针调整时期，农村金融工作在实际中面临两个重点和难点：一是如何统一管理农业资金需要，二是如何提高农业资金的使用效益。面对问题，最初的解决办法是1963年3月召开全国农村金融工作会议，着重研究如何管好用好农业资金问题，并出台了《关于全国农村金融工作会议的报告》，提出了按政策、按计划、按制度管好用好国家支援农业资金的具体措施。同年7月，成立中央、省、专、县各级农业资金小组，由各级农林办公室、财贸办公室、计委、农业、水利、财政、银行、商业、供销社等有关部门参加，负责领导各有关部门管好、用好国家直接支援农业集体经济的资金。但在实际实施过程中，效果并不理想。因此，成立一个专门金融机构专门负责管理国家支援农业资金，成为解决问题的必然选择。
在周总理的提议下，1963年10月国务院召开第136次全体会议，决定再次成立中国农业银行，作为国务院的直属机构，并提请全国人大常委会审议批准。同年11月全国人大常委会第106次会议审议通过。从农业银行第三次成立的方式和程序，可以看出此次是在国务院主导下成立的，而非由中国人民银行主持农业银行的成立。在隶属关系上，第三次成立的农业银行也直属国务院，而非隶属于中国人民银行。
1963年10月，中共中央、国务院颁发《关于中国农业银行统一管理国家支援农业资金的决定》。该《决定》对于农业银行来说，可以说在一定程度上摆脱了中国人民银行对其职能定位、机构设置和管理的束缚，从愿望上讲应该可以更好地发挥管理农业资金的作用。规定要求：中国农业银行是国家设立的专业银行，是国务院的一个直属机构，自上而下建立垂直系统，中央一级设总行，省、直辖市、自治区设分行，专区设中心支行，县设支行，区或相当于区的农村人民公社设立营业所。同时要求中国人民银行将现有的农村金融工作人员，全部划归农业银行，并且为农业银行配备一批会计人员和领导干部。从规定中可以看出，第三次设立农业银行的最初设想是在业务上和机构上完全独立于中国人民银行，独自承担起管理国家支援农业资金的工作。
1963年11月，中国人民银行和农业银行两总行共同召开了全国分行行长会议，随后又联合下发了两次通知，从机构设置、干部队伍建设、业务及财务交接、建立各级政治工作机构等方面进行了协调和分工。其中，在机构设置上，两行达成的一致意见是统一安排两行在基层的机构：在部分经济比较集中的地区，中国人民银行和农业银行均设立基层机构；在工商信贷业务比较少的地區，中国人民银行视需要派少数人入驻农业银行营业所，对外挂中国人民银行的牌子，以中国人民银行的名义办理人民银行的业务；在一部分工商信贷业务很少地区，可由农业银行营业所代理。在一部分农业拨款和贷款少的地区，也可由中国人民银行办事处代理农业银行的业务，或由农业银行派人入驻中国人民银行办事处，对外挂农业银行的牌子，以农业银行的名义办理农业银行的业务。对互相派驻人员，两行还在协商后决定，业务工作受各自上级行的领导，但政治生活和日常行政工作，接受驻在的营业所主任或办事处主任领导。
根据新的分工，人民银行和第三次成立后的农业银行正式在全国各自开展业务。但在随后的一年中，从各地实际执行情况来看，对两行在业务分工和机构设置的掌握和实际运用上出现了许多偏离和背离最初设想的情况，如许多地区在业务量并不很大的地方分设了人行和农行的两个机构；在中国人民银行派驻在农业银行营业所办公的地方，也在内部分设出了两套账目。上述情况必然导致了两行在机构设置和人员配备上的重复和浪费，既不利于两行分别更加深入基层开展业务，也不利于在农村信贷和工商信贷两项业务间更好地配置业务力量，同时对各自派驻人员实行分别管理也不利于两行之间更好地团结与协作。有鉴于此，1964年11月，国务院发出《关于调整中国人民银行和中国农业银行农村基层机构的通知》，对两行现有的农村基层机构设置进行了调整，规定除个别大集镇外，在区或相当于区的公社所在地，中国人民银行、农业银行合设为一个机构，受中国人民银行、农业银行的县支行双重领导，但同时规定以农业银行为主。从这个通知可以看出，国务院旨在解决两行之间在基层机构设置上的矛盾，但在实际运行中导致了两种现象的发生：一是规定中国人民银行、农业银行县支行双重领导，尽管在形式上统一，但在实际中仍是各自管各自，时常出现意见不统一的问题，存在多头领导的现象；二是规定以农业银行为主，导致部分人民银行县支行对营业所的工作缺乏主动；三是多数基层营业所在实际工作中倾向于以农业银行为主的原则，但忽略了同时作为中国人民银行基层机构的双重职责。
在国务院多次修订调和方案无效后，为最终解决上述问题，从1964年年底开始遵照国务院的批示，中国人民银行和农业银行在农村的基层机构开始陆续进行合并。1965年8月，中国人民银行召开了全国分行行长座谈会，对两行的矛盾和解决办法进行了更深层的讨论。在座谈会上，时任国务院财贸办公室副主任的姚依林，传达了中央对解决两行矛盾问题的意见，即倾向于两行合并。据此，1965年10月，中国人民银行和农业银行两总行党组联合向党中央、国务院报送了《关于中国农业银行同中国人民银行合并的请示报告》，在阐述了合并理由后，提出出于精简和备战的考虑，两行机构从上至下进行合并，并对合并后原中国农业银行的业务和人员进行了安排。同年11月，中央予以批准。
两行矛盾原因解析
1949～1965年，中国金融体系经历了一个从构建、发展到逐步自成体系的过程，其显著标志就是金融机构的设置和调整。其中，从1949年至1952年是中国金融机构体系的初创时期；从1953年至1957年，中国金融机构在“一五”时期的大背景下进行了一轮大规模的调整而初具规模；从1958年至1965年，中国金融机构经历了大跃进和国民经济恢复时期，成为了单纯供应资金的“第二财政”。
为服务于国家经济建设的全局，农村金融管理机构在中国人民银行和农业银行间来回交替担任，其间以农业银行经历了三次成立和撤销为特征，实现了农村金融机构的不断调整。纵观建国初期我国农村金融机构的设置和运行，可从国家意志、对市场规律的认知等方面进行分析：
国家意志在农村金融机构的设置和发展方向上起着决定性的作用。从农业银行第二次和第三次成立和撤销中，可以看出中国人民银行和农业银行在基层机构设置和管理以及人员配置上存在矛盾，但始终无法得到有效解决。尽管通过两次成立和撤销农业银行，从国家层面角度只是暂缓了两行之间的矛盾，却未从根本上找出问题的原因，更无法从制度层面上来解决问题。但从中也可以看出，即国家意志对计划经济时期金融机构的设置和发展方向起着决定性的作用，通过掌控农村金融机构的设置，实现国家既定的战略目标，也在很大程度上影响了农村金融体系以及整个国家金融体系的发展。对于这种影响的利弊，可以说在某些特定的时期和形势下，发挥了积极的作用，但在另一些特定的时期和形势下，无疑将起到了阻碍和延缓作用，干扰和影响了农村金融的良性和健康发展。
对金融体系及机构运行规律的认识不足导致了农村金融机构设置和运行的随意性。可以看出，受国家认知局限的影响，从建立之初起，中国人民银行对自身的定位和职责就没有一个比较清楚的认识，过于强调为国家利益服务，而没有考虑到金融机构市场化的一面，因此导致了在全国范围内既当“裁判员”，又当“运动员”，不仅对其他金融机构实施监管，同时全面经营银行业务，甚至与农业银行开展业务“竞争”，这在第二次农业银行存在期间表现尤为明显。这无疑必然导致金融机构间无法有效地真正开展商业运作，无法正常开展同业竞争，从而进一步影响到金融制度的健康发展。