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益生菌的概念于1965年首次提出。1989年，Fuller则把益生素定义为能够促进肠内菌群生态平衡、对宿主起有益作用的活微生物制剂。由于发现菌体碎片、成分、代谢产物等具有与活菌同样的生理效应，1996年后对益生素定义不再强调活菌，泛指含生理活菌或死细胞（包括代谢产物与细胞组成成分），摄取后可改善黏膜表面菌群或酶的平衡，或刺激机体的特异性或非特异性免疫力的微生物制剂。