最新的分子人类学材料———Y染色体DNA能对民族系统进行精细的分析。百越系统被发现与中国的其他系统差异很大 ,而与南岛语系民族 (马来系统 )特别是台湾语族群体相当接近。已经研究的百越群体显示出遗传发生关系和语言文化类型的差距 ,这与百越的整体认同和地域分化有关。根据数据的主成分分析得到百越民族系统遗传结构的三个特点。 1 百越有单起源的遗传学迹象 ,可能大约三、四万年前发源于广东一带 ,而后慢慢扩散开来 ;2 百越二分为以浙江为中心的东越和以版纳为中心的西越 ;3 百越群体在发展过程中曾经由广东向东北、西北、西南三个方向迁徙。百越接触过的许多族群也涵入了部分百越的遗传类型。百越从广东经江西向浙江的扩散可能发生于很早以前 ,福建与浙江的越族群体是不同路线迁来的 ,在台湾原住民遗传结构中同样表现出这种二元性。西部傣族类群是很晚从广东迁出的。