本文以重大工程中承包商与供应商协同合作问题为研究对象,考虑到决策主体的决策环境、决策顺序和决策目的的不同,从分散决策模式、集中决策模式两种模式分别建立相应的协同合作动态博弈模型,模型构建考虑到承包商与供应商的异质性,从而突出两者对协同合作贡献的不同权重,并分析给出不同模式下的最优利益分配机制、最优努力程度和供应链系统最优收益,最后进行比较分析与数值模拟。研究结果表明:当承包商和供应商的努力都对产出有影响时,不管哪种决策模式,承包商与供应商的协同合作必须要分享收益才可以激发合作积极性,而收益分配系数只与双方的产出贡献权重有关;存在双边道德风险时,承包商在分散决策模式下的收益高于集中决策模式,因而承包商倾向于选择分散决策模式,而供应商则相反,但承包商与供应商选择集中决策模式对供应链系统整体收益最优。