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《国家“十一五”规划纲要》提出“推进形成主体功能区”，这是促进区域协调发展的一个新思路、斯举措，对于缩小区域发展差距、实现可持续发展具有重要意义。良好的区域利益协调机制是主体功能区建设顺利推进的重要保证。本文首先分析了相关制度环境的变化，然后阐述了市场经济条件下主体功能区建设中区域利益协调机制建立的原则、探讨了其应包含的内容．在此基础上提出了应从协调目标、协调内容、协调主体、协调手段与途径、协调程序等几个方面构建完善的主体功能区建设中区域利益的协调机制。