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分析编码序列设计的目标及需要满足的约束条件,建立相应的数学模型,提出该模型的模拟退火遗传优化算法(HSAGA).模拟退火采用串行优化结构,遗传算法采用群体并行搜索,两者结合成为并行算法.模拟退火作为一种自适应变概率的变异操作,可有效增强并补充遗传算法的进化能力.通过具体算法的实现,得出较高质量的DNA编码序列.