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在慢病毒感染过程中，基因和抗原性变异的基本特征已被世界科学家所认同，虽然未被证实，但慢病毒的抗原多样性对慢病毒疫苗的研究是一个主要障碍。慢病毒的抗原变异主要是指病毒的囊膜蛋白（Env）发生改变。在研究囊膜蛋白基因变异时发现，即便是氨基酸序列很小的变化也可以引起体外检测抗体和CTL特异性反应发生巨大变化，还可以引起体内针对持续性感染的免疫控制发生变化。