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针对生物信息学多序列比对问题,提出一个基于混合遗传算法的求解算法:在混合算法中,模拟退火算法用于局部寻优,提高算法的收敛速度,同时防止早熟收敛;禁忌搜索算法通过记忆能力避免进化过程出现循环,提高全局寻优能力;用遗传算法进行全局搜索.对基准序列比对库BAliBASE进行测试,结果表明该算法是有效的.