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基因分型方法即分子分型方法，是用现代分子生物学技术分析菌株间基因组的相似程度，进而弥补表型分型在分型能力、重复性及分辨力上的欠缺。脉冲场凝胶电泳（PFGE）是一种重要的分子分型技术，其工作原理是：大小不同的 DNA 分子在交替变换方向的电场中作出反应所需的时间不同，一般较小的分子重新定向较快，在凝胶中移动快，大的DNA分子比小的DNA分子定向慢，在凝胶中移动比较慢，根据各DNA分子迁移距离的不同，从而可以达到分离不同大小的 DNA 分子的目的。在所有分子分型方法中，脉冲场凝胶电泳以重复性好、分辨性强，被作